Le CNMSS est un établissement public à caractère administratif doté de personnalité civile et de l'autonomie financière, placé sous la tutelle du ministère des affaires de la jeunesse et des sports.
La création du Centre National de la Médecine et des Sciences du Sport remonte à 1965 par l'implantation d'une Unité Nationale de Médecine du Sport.
Désignation officielle de l'Unité de la Médecine du Sport, installée au Palais des Sports d'El Menzah (bureaux de la coupole).
Un décret-loi nomme l'institution au Journal Officiel sous l'appellation « Centre National de la Médecine du Sport – CNMS ».
Édition du décret-loi n° 2367 du 22 novembre 1993 fixant l'organisation et les modalités de fonctionnement du CNMSS.
Décret n° 2003-2650 du 23 décembre 2003 portant changement d'appellation de « CNMS » à « Centre National de la Médecine et des Sciences du Sport – CNMSS ».
Décret n° 2003-2651 du 23 décembre 2003 fixant l'organisation administrative et financière ainsi que les modalités de fonctionnement du CNMSS.